UNIVERSIDAD DEL PAÍS VASCO

El biólogo Koldo García usa la informática para buscar estas secuencias víricas que entran en las células germinales del DNA y se transmiten durante generaciones

Los retrovirus son virus con material genético compuesto por RNA. Los retrovirus endógenos (ERV), por otra parte, son secuencias derivadas de infecciones retrovirales introducidas en células de la línea germinal que se transmiten de generación en generación, integradas en el genoma. Según diversas investigaciones, la expresión de los ERV puede beneficiar al huésped si está controlada; podría ayudar, por ejemplo, a la protección del embrión. Sin embargo, debido a su carácter patógeno, también relacionan los ERV con el cáncer, la esquizofrenia o las enfermedades autoinmunes.

De todas maneras, el conocimiento sobre los ERV es aún reducido. Han sido detectados en todos lo mamíferos y en muchos otros vertebrados, pero sólo se han realizado investigaciones génicas para primates y roedores. El biólogo Koldo García ha dado un paso al frente en este terreno, al investigar con vacas y caballos, realizando el primer análisis genómico de ERVs de dos especies pertenecientes a las familias de los rumiantes y los équidos, respectivamente. Su tesis, presentada en la UPV/EHU, se titula Erretrobirus endogenoen detekzioa eta karakterizazioa behietan eta beste hainbat mamaliotan (Detección y caracterización de retrovirus endógenos en vacas y otros mamíferos). Parte de las conclusiones de esta tesis han sido publicadas en el número de octubre de la revista Journal of Virology que publica la Asociación Americana de Microbiología (http://jvi.asm.org/cgi/content/abstract/84/20/10852). Esta revista tiene un índice de impacto de 5,15, y es, según este parámetro, la cuarta del mundo entre las publicaciones pertenecientes al área de Virología.

BoERV1, la más abundante en vacas

Para detectar los ERV, García se ha valido de herramientas informáticas. En concreto, ha utilizado tres métodos: el primero basado en el algoritmo BLAST, y los otros dos en los programas LTR_STRUC y Retrotector©. A ellos les debe la detección de un total de 35 familias de ERV (sumando las de las vacas y las de los caballos) no descritas hasta la fecha. En concreto, ha detectado 24 posibles familias de ERV en vacas, de las cuales 20 no habían sido descritas experimentalmente. Entre estas últimas, García destaca la familia BoERV1, al ser la más abundante entre las encontradas. Tal y como se muestra en la tesis, cabe la posibilidad de que se trate de una familia de ERV específica de rumiantes. En cuanto a los caballos, ha detectado 15 posibles familias; ninguna de ellas se había descrito hasta la fecha.

Asimismo, el investigador ha estudiado cómo proliferan los ERV en ambas especies, y ha concluido que la reinfección es el mecanismo mayoritario en los dos casos. En general, los ERV proliferan principalmente de dos maneras: mediante transposición (ocurre en la misma célula de la línea germinal) o por reinfección (los ERV salen de su célula e infectan a otra célula de la línea germinal). La tesis muestra que la reinfección es muy común, ya que esta misma forma de proliferación es la mayoritaria en otros muchos animales. En concreto, para su investigación García ha reunido datos de humanos, chimpancés, ratones, ratas y perros, para así compararlos con los de vacas y caballos. De esta manera, ha comprobado que, exceptuando las ratas, todos estos animales se valen de la reinfección más que de la transposición.

Expresión en tejido vacuno

En el caso de las vacas, García ha realizado una investigación más a fondo, fijándose también en los genes que rodean al ERV, o, dicho de otra manera, en el contexto genómico. Tal y como se muestra en la tesis, muchos de los genes cercanos a los ERV están relacionados con la protección contra los virus y las histonas (proteínas que participan en la compactación y regulación de DNA). Según el investigador, esto puede deberse a que los genes se encontraban activos cuando se introdujeron los retrovirus, o al hecho de que tienen características que éstos pueden reconocer.

Por otra parte, además de detectar ERVs, en esta tesis se muestra su expresión por primera vez; concretamente, su expresión en tejidos vacunos. Se trata, además, de una expresión controlada, y por lo tanto valiosa para la protección del huésped. Tal y como muestra la investigación, dicha expresión ocurre principalmente en las glándulas endocrinas y en los embriones, por lo que puede estar relacionada con la protección del embrión.

Sobre el autor

Koldo García Etxebarria (Barakaldo, 1982) es licenciado en Biología. Ha redactado su tesis doctoral bajo la dirección de Begoña Marina Jugo Orrantia, profesora del Departamento de Genética, Antropología Física y Fisiología de los Animales de la Facultad de Ciencia y Tecnología de la UPV/EHU. En la actualidad, García trabaja en el Instituto de Biología Evolutiva de Barcelona.